Заповідник створено у 1998 році на базі природного заповідника «Дунайські плавні».
Це унікальна екосистема площою понад 50 тисяч гектарів, яка постійно збільшується за рахунок намивання мільйонів тон піску річкою Дунай.
Саме тут річка Дунай розливається безліччю проток і заток, створюючи такий собі «оазис незайманої природи», де живуть та розвиваються представники флори та фауни, багато з яких занесені до Червоної книги України.
Складовими частинами Дунайського біосферного заповідника є дельта Кілійського рукава Дунаю, острів Єрмаків, Стенцівсько-Жебриянівські плавні, Жебриянське пасмо, верхів'я озера Сасик та Джантшейський лиман.
Заповідник входить до Світової мережі біосферних заповідників ЮНЕСКО починаючи з 1999 року.
«Сучасники динозаврів» — так називають дунайські осетрові риби, які здебільшого живуть у Чорному морі, мігруючи по Дунаю на нерест, де вони досягають 4,5 метри довжини і можуть жити до 100 років.
Дельта Дунаю — це пташиний рай для рожевих та кучерявих пеліканів, які прилітають у Дунайські плавні наприкінці березня, а з настанням осені вирушають на зимівлю до теплих країн екваторіальної Африки та Середземномор'я.